kingsnake.com - reptile and amphibian classifieds, breeders, forums, photos, videos and more
return to main index
follow us on facebook follow us on twitter follow us on YouTube link to us on LinkedIn
 
click here for Rodent Pro
Mice, Rats, Rabbits, Chicks, Quail
Available Now at RodentPro.com!
Locate a business by name: click to list your business
search the classifieds. buy an account
events by zip code list an event
Search the forums             Search in:
News & Events: Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Tortoise . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Monitor . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Hognose . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Alligator . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Bearded Dragon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Caiman . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Iguana . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Milk Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gharial . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Newt . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Alligator . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Komodo . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Racer . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Bearded Dragon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Salamander . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Skink . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frilled Dragon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Bearded Dragon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Salamander . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Toad . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Iguana . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gharial . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chameleon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Garter . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Newt . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chuckwalla . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Tortoise . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Cribo . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Toad . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Anole . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Ackie . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Greyband . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gila . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Toad . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chuckwalla . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Skink . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Crocodile . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Hognose . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Colubrid . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: kingsnake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Snake Fungal Disease, Emerging Pathogen or Endemic Pandemic ? . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Colubrid . . . . . . . . . .  Blunt-headed Tree Snakes . . . . . . . . . .  Herping South Texas – A Typical Weekend Trip . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Common Bird Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Minnesota Leopard Frogs . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Southern Hellbenders . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Dumpy Treefrog? Indeed! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Snake-Proof Wall to be built around Everglades . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Indian Star Tortoise Nesting Dedication . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  New Year’s Spadefoots . . . . . . . . . .  Cane Toads and Their Living Canteens . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Garter . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  The American Crocodile . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Kingsnake . . . . . . . . . .  The Four Fs: The Struggle is Real! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Hognose . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Collared Lizard . . . . . . . . . .  The Variable Yellow Rat Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Garter . . . . . . . . . .  Beautiful Tree Viper . . . . . . . . . .  Extreme conditions call for Extreme Adaptations . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Kingsnake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Royal Diadem Snake . . . . . . . . . .  Is Brumation Necessary for Reproduction? . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Colubrid . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Toad . . . . . . . . . .  Island Night Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Turtle . . . . . . . . . .  Citizen Science: How you can contribute . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Mountain Skink . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Citizen Science: Herping with purpose . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Definitely NOT a Stay-at-home, The Invasive Red-eared Slider . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chondro . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rat Snake . . . . . . . . . .  The Shrunken Realm of the Yellow-bellied Slider . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Iguana . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Three-toed Amphiuma . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frilled Dragon . . . . . . . . . .  Florida Bog Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Caecilian . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Gecko . . . . . . . . . .  Gulf Coast Spiny Softshells . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day:Drymarchon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chuckwalla . . . . . . . . . .  Alabama Map Turtle and Northern Black-knobbed Sawback . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Boa . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Milksnake . . . . . . . . . .  Ringed and Pearl River Map Turtles . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Colubrid . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Kingsnake . . . . . . . . . .  Yellow-blotched and Pascagoula Map Turtles . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Collared Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Snake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Whipsnake . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chameleon . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Lizard . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Cribo . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Frog . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Colubrid . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Python . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Chuckwalla . . . . . . . . . .  Herp Photo of the Day: Rattlesnake Friday! . . . . . . . . . .  Delta Map Turtle (Sawback) . . . . . . . . . .  Bay Area Amph & Reptile Society Meeting - Sept. 22, 2017 . . . . . . . . . .  ReptiCon Charlotte - Sept. 23-24, 2017 . . . . . . . . . .  FIRExpo by Repticon - Sept. 23-24, 2017 . . . . . . . . . .  East Coast Reptile Super Expo - Sept. 23, 2017 . . . . . . . . . .  Kansas City Reptile Show - Sept. 24, 2017 . . . . . . . . . .  ReptiDay Gainesville - Sept. 30, 2017 . . . . . . . . . .  ReptiCon Baltimore - Sept. 30-Oct.01, 201 . . . . . . . . . .  Greater Cincinnati Herp Society Meeting - Oct. 04, 2017 . . . . . . . . . .  Central Illinois Herp Society Meeting - Oct. 05, 2017 . . . . . . . . . .  Calusa Herp Society Meeting - Oct. 05, 2017 . . . . . . . . . . 

Re: mtDNA - pros and cons


[ Follow Ups ] [ Post Followup ] [ The Taxonomy Forum ]

Posted by troy h on December 11, 2002 at 10:19:28:

In Reply to: mtDNA - pros and cons posted by WW on December 11, 2002 at 03:03:08:

:On the other hand, if you have one nuclear gene sequence, you cannot automatically add other nuclear sequences to create one phylogeny, since, due to lack of linkage, different nuclear genes may have different histories, one of which may or may not be an accurate representation of organismal history.

why can you not combine multiple nuclear genes into a single phylogeny? you can combine mtDNA, along with morphological data, and allozyme data to get "whole data" trees (i.e. reeder & weins work with sceloporus). seems to me that sequence data for several nuclear genes would only give you more characters that, because they may have been inherited differently, would give you a much more complete history for that population or species.

::3) mtDNA is not under the same sort of selection pressures as are nuclear DNA . . .

:What do you mean by that?

i mean that presumably, since much of the nuclear genome codes for physical characteristics such as color or pattern or size/shape/performance characteristics, then those genes are subject to selection on those sorts of traits . . . whereas the mitichondrial genes such as cytochrome b are much less affected by selection . . . and since its selection (presumably) that drives speciation (along with geographic isolation) then looking at genes under selection would show changes that are more important to delineating species than would be found on sequences or genes that are presumably not under such intense selection.

::i do understand that using nuclear DNA is more difficult and time consuming (and expensive). . . but i think that this sort of DNA would reveal much better (i.e. closer to actual relationships) results in phylogenetic analyses.

:Actually, the contrary is true. For *allopatric* populations (i.e., where gene flow is not an issue), mitochondrial DNA is actually MORE likely to protray the true organismal phylogeny. The reason is that mtDNA has a smaller effective population size than any particular nuclear gene (due to being haploid and maternally inherited), and as a result, coalescence happens more rapidly than for any one nuclear gene. Consequently, a mtDNA gene tree is more likely to represent organismal history than a tree derived from any one nuclear gene.

first off, what do you mean by coalescence? i can see where using mtDNA would be more likely to give a "true" tree than a single nuclear gene . . . however, i don't see how it would be better than using multiple nuclear genes (or a mix of nuclear and mtDNA genes). Is it simply the case that right now mtDNA is cheaper, easier, and more convenient?

furthermore, i don't like to see morphology and/or allozymes ignored . . . the morphology and/or allozymes of the organism (barring nuclear sequencing) are the only "window" a researcher has into the "whole organism" while mtDNA is but a small sample of DNA . . . with the above-mentioned limitations.

troy





Follow Ups:




[ Follow Ups ] [ The Taxonomy Forum ]